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日本的住宅在受到中国与朝鲜半岛影响的同时，也顺应了拥有四季变化、地震频发的国土条件，逐渐发展出独特的演化体系。具体来说，就是为了缓解夏季的高温多湿，并兼顾抗震性能，形成了一种介于“隔震”和“制震”之间的、以木结构为核心的木造轴组构法。将柱子立在天然石头上的构法，利用了木材本身的复原力。在地震发生时，建筑会发生较大的摇晃，虽然会导致土墙等部位受损，但能够防止建筑整体倒塌，从而保护居住在内部的人命安全。
日本的住宅大约起源于距今约一万两千年前的绳文时代。当时人们居住在竖穴式住居（たてあなしきじゅうきょ）中，即在地面挖坑、立柱、覆盖屋顶而成的房屋。
竖穴式住居的大小因时代与地区不同而有所差异，但一般来说，是在直径约3～4米、向下挖约50厘米的圆形地面上，立起5到7根柱子，再覆盖屋顶建成的。约20平方米左右的空间中，住着4～5人的家庭。当时以狩猎采集为主要生活方式，但这些房屋多建在靠近河流或海边、便于获取饮用水的地方，作为定居用住宅使用。人们制作石器、磨制玉器，进行“制玉”等手工艺活动，也制作绳文式土器来维持生活。
柱子是直接埋入地面建造的。虽然是简朴的工法，但意外地结实。屋顶将椽木呈圆锥状排列，再覆盖泥土和芦苇。内部设有围炉（いろり），似乎也设有祭坛等设施。大型住居中，甚至还有在下层生火、用于干燥食物的中二层结构。
日本的住宅在最初阶段，只由柱子和屋顶构成。地板和墙壁的出现，是在建筑规模逐渐扩大之后的较晚时期。在绳文时代后期至弥生时代，随着稻作的传入与定居生活的普及，除了竖穴式住居之外，还开始建造规模更大的掘立柱建筑（ほったてばしらけんちく）。 掘立柱建筑也被称为“平地式住居”，是指将柱子直接埋入地面，用以支撑屋顶的结构。同时，还建造了适合储存粮食的高床式住居（たかゆかしき）。通过将地板抬高离开地面，可以防止室内受潮；并在柱子上设置防鼠装置，以防止鼠害。由于稻作需要在平地上由人们协力完成，于是村落开始形成，人们在住宅周围修筑壕沟以防御外敌，出现了环壕聚落（かんごうしゅうらく）。
随着时代发展，到了飞鸟时代，经由朝鲜半岛传入了将柱子立在天然石头上的础石建筑（そせきたてもの）技术。这种方式克服了掘立柱建筑中柱脚容易腐朽的弱点，使建筑的耐久性大大提高。由于础石建筑需要较高的木材加工技术，因此主要用于寺社建筑和城郭建筑。而真正普及到一般住宅，则被认为是在镰仓时代之后。
各种住宅形式
竖穴式住居：是仅由柱子和屋顶构成的结构。“根”这个字原本指的是“站立或生长之物的下部”，也引申为事物的基础、根本。
掘立柱建筑：在绳文时代，作为粮仓用途的高床式建筑出现，将多根柱子直接埋入地面，由此开始出现“地板”的概念。
础石建筑：到了奈良时代，建筑规模扩大，开始出现用来分隔柱间空间的隔墙概念。同时，为了防止柱子腐朽，人们开始将柱子立在天然石头上，础石建筑逐渐普及。规模较大的建筑也被称为总柱式建筑（そうばしらがたたてもの）。
飞鸟时代的代表性建筑，是建于奈良旧斑鸠宫的法隆寺。据说它是在推古天皇十五年（607年），由厩户王（圣德太子）创建的。厩户王据说从当时朝鲜半岛的百济邀请了被称为“番匠”的名匠级木工工匠以及瓦匠。直到今天，人们仍将厩户王（圣德太子）作为职业守护神来祭祀，木匠、锯木工等工匠会聚集在一起举行太子讲，时间是在农历正月21日或22日。在太子讲中，会供奉厩户王（圣德太子）的像，并陈列曲尺（差金、指矩）、墨斗、斧头等木工工具，同时也会进行饮食聚会，作为工匠之间互助、商议报酬与加深感情的场合。
进入中世以后，总柱式建筑逐渐成为主流。建筑以平屋（单层）形式为基本，拥有支撑屋顶的母屋空间（天花以上的结构部分），并配有室外的檐廊。内部空间的柱距大致统一在2米～2.4米左右，呈棋盘状排列。由柱子围合而成的空间被称为“间（ま）”，直到今天，人们仍用“间（けん）”来表示柱与柱之间的跨度，如“一间”“一间半”，这也成为日本住宅模数的基础。不过，这一模数因地区不同而有所差异，例如京间、江户间等。根据使用目的，人们会在这些柱间设置隔墙。采用这种思想建造的建筑被称为传统构法，也就是以柱子来承受屋顶重量的木造轴组构法。由于隔墙本身不承担屋顶重量，因此可以比较容易地进行移动。
现代住宅虽然以传统构法为基础，称为在来工法，但由于隔墙需要承担防止地震时建筑倾斜的耐力，因此已经不是可以随意移动的结构了。在江户时代的封建制度下，住宅所使用的材料、平面布局以及建筑规模，都受到身份阶层的限制。武士阶层被允许使用床之间、榻榻米以及瓦葺屋顶，而农家住宅只能使用茅草屋顶，并且只能采用看不到柱子的大壁式土墙。不过，供武士来访的庄屋宅邸为了不失礼于武士，往往会采用与武家屋敷相同的建筑形式；而在街道沿线的商家密集地区，则出于防火考虑，使用了瓦屋顶和灰泥墙等材料。实际上，这些规定也并非绝对严密，多少存在一些模糊空间。此外，街道沿线的商家还会建造被称为厨子二层或中二层的建筑形式。榻榻米通常只在有客人来访时才铺设，因此建筑在设计时，会按照榻榻米尺寸统一规划的“榻榻米割”方式来建造。